BioEdit官方版是一款相當(dāng)不錯(cuò)的分子生物學(xué)應(yīng)用軟件，BioEdit最新版可以完成核苷酸序列和蛋白質(zhì)序列進(jìn)行所有常規(guī)的分析操作，如：序列比對、序列檢索、引物設(shè)計(jì)、系統(tǒng)發(fā)育分析等，BioEdit官方版還提供了很多網(wǎng)絡(luò)程序的分析界面和接口。

BioEdit功能介紹

　　手動(dòng)對齊的四種模式：選擇和滑動(dòng)、動(dòng)態(tài)抓取和拖動(dòng)、鼠標(biāo)單擊的間隙插入和刪除、以及像文本編輯器一樣的屏幕上打字。

　　在顏色對齊和編輯與單獨(dú)的核酸和氨基酸顏色表和全面控制背景顏色。

　　質(zhì)粒繪圖接口，用于從DNA序列自動(dòng)創(chuàng)建質(zhì)粒載體圖形。容易標(biāo)記位置，添加箭頭和曲線框的特征，并標(biāo)記限制性酶切位點(diǎn)。還顯示了詳細(xì)的多聯(lián)結(jié)和繪制可移動(dòng)的箭頭和形狀與繪圖工具。

　　基于動(dòng)態(tài)信息的對齊陰影。

　　點(diǎn)選彩色表編輯

　　顯示和打印具有專業(yè)外觀輸出的ABI色譜圖。

　　將序列分組為組或家庭。

　　用于同步手對齊調(diào)整的分組序列的鎖定對準(zhǔn)。

　　在對齊窗口中用動(dòng)態(tài)視圖注釋圖形序列，包括特征注釋信息工具提示。

　　鎖定序列以防止意外編輯。

　　指定在氨基酸和核苷酸序列中被認(rèn)為有效的字符。

　　在選定的列中按名稱、軌跡、定義、加入、PID / NID、引用、注釋或剩余頻率排序序列。

　　通過引用序列合并對齊。

　　將一個(gè)對齊方式附加到另一個(gè)結(jié)尾。

　　基本系統(tǒng)發(fā)育樹查看器(用于PHYLIP格式樹)，允許節(jié)點(diǎn)翻轉(zhuǎn)和打印。

　　在單序列編輯器中口頭讀取序列，以驗(yàn)證手寫類型的序列條目。

　　讀寫GenBank、FASTA、PHYLIP 3.2、PHYLIP 4和NBRF/PIR格式?，F(xiàn)在還讀取GCG和Clustal格式

　　利用Don Gilbert的RealSeq自動(dòng)導(dǎo)入和導(dǎo)出11種附加格式，包括MSF、ASN.1、IG/Stanford和Enbl。

　　允許直接從剪貼板導(dǎo)入兼容格式，而不必先保存到文件中。

　　編輯器窗口的快捷菜單的自定義定制

　　RNA對比分析，包括協(xié)變、潛在配對和互信息分析(目前能夠產(chǎn)生矩陣多達(dá)10000×10000 -但這將是一個(gè)600 + MB文件)矩陣?yán)L圖儀的2-D矩陣輸出表和面積繪圖的個(gè)別行的數(shù)據(jù)M阿特里克斯矩陣?yán)L圖儀和線圖都有點(diǎn)和點(diǎn)的數(shù)據(jù)選擇，矩陣?yán)L圖儀和矩陣數(shù)據(jù)的一維線圖現(xiàn)在是動(dòng)態(tài)鏈接的。

　　用繪圖儀查看非常大的矩陣的截面(測試到5183×5183矩陣=180 MB文件)

　　查看和操作對齊多達(dá)20000個(gè)序列。

　　二進(jìn)制文件格式(BioEdject項(xiàng)目格式)用于快速打開和保存大排列——原核16S rRNA比對(29 MB文件)的6205個(gè)序列在233 MHz奔騰下不到10秒打開和保存。

　　用戶自定義偏好的ORF搜索

　　帶密碼子使用的核酸序列的格式化翻譯，選擇一個(gè)或三個(gè)字母的氨基酸編碼，僅選擇核酸的區(qū)域的翻譯，以及起始/終止密碼子的選擇

　　用于同步和同步編輯同一文件中的兩個(gè)不同位置的拆分窗口視圖——垂直或水平分割窗口

　　氨基酸和核苷酸組成分析及繪圖

　　通過氨基酸翻譯對齊蛋白質(zhì)編碼核酸序列。

　　CulsSTW多序列比對(接口內(nèi)部，外部程序由DES希金斯et al.)與對齊的蛋白質(zhì)全標(biāo)題和GenBank字段信息的自動(dòng)更新，以及核苷酸序列編碼時(shí)，從蛋白質(zhì)序列的核苷酸序列。

　　蛋白質(zhì)疏水性/親水性圖

　　蛋白質(zhì)疏水矩矩陣圖(0～180)

　　在編輯窗口中可供選擇的系統(tǒng)字體

　　限制或任何框架翻譯，多酶選擇和輸出選項(xiàng)，循環(huán)DNA能力

　　制造商瀏覽限制性內(nèi)切酶

　　長度至少4.6 Mb的序列可以被操縱(迄今為止測試的最大序列是大腸桿菌基因組(4.6 MB)——大腸桿菌被打開，反向互補(bǔ)，翻譯成10125個(gè)密碼子延伸>100個(gè)氨基酸，并以完整的GenBank注釋打開和保存)。

　　六個(gè)框架翻譯，能夠?qū)φ麄€(gè)基因組進(jìn)行原始翻譯(用大腸桿菌基因組測試，約4.6 MB)。

　　保存GenBank格式的EntZEX文件，包含軌跡、定義、登錄、PID、NID、DbS源、關(guān)鍵字、源、引用、注釋和完整的特征字段。修改或添加您自己的信息。保存在GenBank格式的多個(gè)序列文件保留任何輸入信息。此信息也保存在BIOGEDIT項(xiàng)目文件格式中。

　　通過BIGEDGE圖形應(yīng)用配置接口配置和運(yùn)行附件應(yīng)用程序。

BioEdit安裝方法

　　在188下載網(wǎng)，下載BioEdit官方版軟件包，解壓，運(yùn)行“exe.文件”

　　雙擊打開，進(jìn)入安裝向?qū)?，單擊Next

　　繼續(xù)安裝前閱讀協(xié)議，點(diǎn)擊I accept...，點(diǎn)擊Next

　　選擇安裝位置，默認(rèn)c盤，點(diǎn)擊Next

　　選擇安裝類型，點(diǎn)擊Next

　　準(zhǔn)備安裝，點(diǎn)擊Install

　　BioEdit官方版正在安裝，耐心等待一下

　　安裝完成，點(diǎn)擊Finish，退出安裝向?qū)?/p>

BioEdit使用方法

　　拼接教程：

　　1、在BioEdit中開啟一個(gè)序列

　　2、而后將序列上方的一個(gè)菜單：Mode下拉式菜單改為Edit，將光標(biāo)移動(dòng)到序列的最末端，從粘貼板上粘貼你要增加的第二個(gè)序列就OK了。這樣三個(gè)序列都前后連接到一起了。

　　3、這需要一個(gè)一個(gè)來，十分麻煩。Mega5軟件支持將比對后的序列一下子全部放到此外一個(gè)比對后的序列后面。因此在序列連接(或拼接)中，用Mega5比BioEdit更好。要注意的是使用Mega5做連接時(shí)，要選擇Edit/Build alignment，不能是Edit/view選項(xiàng)，不然不能編輯。

　　文件輸出：

　　點(diǎn)擊FileSave As，保存為fasta格式，本例保存為123.fasta，覆蓋舊文件。

　　漢化說明：

　　1、先行安裝原英文版軟件，再安裝本簡體中文包后運(yùn)行主程序即可。

　　2、本簡體中文語言包是在7.0.1基礎(chǔ)上漢化的，同時(shí)還可以使用于各個(gè)版本的BioEdit。因運(yùn)用外掛語言包形式，故軟件中仍有不少地方顯示為英文，不過這不影響使用。

BioEdit更新日志：

開發(fā)GG說這次真的沒有bug了~

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